2023年 3月
新規実施項目のお知らせ
拝啓 時下益々ご清祥のこととお慶び申し上げます。
平素は格別のご高配を賜り厚く御礼申し上げます。
このたび、新規実施項目として菌叢解析の受託を開始いたしますので、下記の通りご案内いたします。
弊社におきましては皆様のご要望に幅広くお応えすべく研鑚を重ねてまいりますので、今後とも引き続きお引き立てのほど、よろしくお願い申し上げます。
敬具
記
■ 受託開始日
２０２３年４月３日（月）ご依頼分より
■ 新規項目内容一覧
| 検査項目コード | 検査項目 | 検査方法 | 備考 |
| 720010 | 16S rRNA解析 | 次世代シーケンス（NGS）法 | ＜事前相談検査＞ご依頼の際は予めご相談ください |
| 720020 | DNA抽出済 16S rRNA解析 | ||
| 720030 | 16S rRNA解析データ | ||
| 720040 | 16S rRNA多様性解析＆群間比較解析 |
●16S rRNA解析
菌叢解析は試料から得られるDNAの中で細菌の16S rRNA遺伝子（16S rDNA）の配列を用いて菌種を推定する解析です。
16S rRNAの配列には、定常領域と呼ばれる全生物種で配列が比較的保存されている領域と菌種ごとに特異性の高い可変領域が交互に存在しています。
定常領域に全菌種で用いることができるユニバーサルプライマーを用いて可変領域(当社ではV3-V4領域を採用)を増幅したのちに配列情報を次世代シーケンサー（NGS）で読み取り既知の16S rRNA遺伝子のデータベースと比較することで菌種の推定を行います。
この方法により試料に含まれる細菌を網羅的に解析することが可能です。
NGSで読み取った数億のDNA断片配列を相同性の高いものでグループ分けを行い、その断片数から試料中の細菌の存在比（菌叢組成）を算出することができます。
▼検査要項
| 検査項目名 | 16S rRNA解析 | DNA抽出済 16S rRNA解析 |
| 検査項目コード | 720010 | 720020 |
| 検査材料 | 便・その他＊１ | DNA抽出液 |
| 必要試料量 | 便：小豆大 | 便：50μL（5ng/μL以上＊4） |
| 所要日数 | 応相談＊2 | |
| 容器及び保存 | ご依頼の内容により異なります＊3 | |
| 報告内容 | 菌叢組成 | |
| 備考 | 事前相談検査（ご依頼の際は予めご相談ください） | |
＊1～＊3：事前相談時に詳細の打ち合わせとご説明をさせていただきます。
＊4：必要なDNA濃度は細菌のDNA濃度です。
NGSで読み取った生データならびに多様性、群間比較解析をご要望の際は下記項目を 同時にご依頼ください。
| 検査項目コード | 検査項目名 | 報告内容 |
| 720030 | 16S rRNA解析データ | 塩基配列（生データ） |
| 720040 | 16S rRNA多様性解析＆群間比較解析 | 多様性（α・β）、群間比較（ＬＥｆＳｅ） |
▼留意事項
◇ 酵母やカビなど16Sr RNA遺伝子を持たない真核生物やウイルスは解析対象外となります。
◇ 解析範囲は細菌の分類の「属」までです。
解析結果としては「種」まで表示されますが、参考扱いとなります。
◇ 本項目は細菌の絶対数（数量）ではなく存在比（割合）の解析です。
厚生労働省登録検査機関・登録衛生検査所 （本社）〒651-0082 神戸市中央区小野浜町１番９号
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